وضعت وزارة التعليم، سيناريوهين لأنظمة التشغيل للمدارس المستقلة، وهما: عقود تشغيل مشابهة لعقود التشغيل الذاتي بوزارة الصحة، و نظام القسائم بحسب تكلفة الطالب ومجموع طلاب المدرسة، وتسليم المشغل مبلغاً مقطوعاً بحسب إجمالي تكلفة طلاب المدرسة.

وتنتظر وزارة التعليم، الموافقة على مشروع تطوير نموذج جديد لتشغيل المدارس الحكومية باسم ” المدارس المستقلة ” ، حيث تخطط خلال المرحلة الأولى من المبادرة لتحويل 2000 مدرسة حكومية قائمة، في 3 أو 4 مناطق في المملكة في جميع المراحل التعليمية إلى مدارس مستقلة إدارياً ومالياً بحلول عام 2020.