تجعل متلازمة القولون المرء يعاني من الإسهال والانتفاخ وتشنجات المعدة، وقد يتسبب النظام الغذائي والتغيرات الهرمونية والتوتر وعدم التوازن في بكتيريا الأمعاء ومشاكل في الجهاز العصبي في الإصابة بمتلازمة القولون العصبي.

وتختلف أعراض القولون من فرد لآخر، فيما تشمل أكثرها شيوعًا ما يلي: حركات الأمعاء غير المنتظمة، الانتفاخ والغازات الزائدة، تقلصات في البطن مصحوبة بألم، خروج المخاط عبر المستقيم، وعادة ما تتفاقم معظم هذه الأعراض بعد تناول الطعام.

وقد تؤثر أعراض معينة أيضًا على أجزاء أخرى من الجسم وتحاكي حالات أخرى. قد تشمل هذه الأعراض: إعياء، زيادة تكرار التبول، رائحة الفم الكريهة، آلام المفاصل العضلات، الحيض غير المنتظم.